Im Juli 2006 kehrte er in das Ministerium zurück und übernahm die Leitung des für die Personalangelegenheiten der ordentlichen Gerichtsbarkeit und der Staatsanwaltschaften zuständigen Referats.
Mit seiner Ernennung zum Leitenden Ministerialrat im Januar 2008 wechselte er als ständiger Vertreter des Abteilungsleiters in die für das Öffentliche Recht und das Privatrecht zuständige Abteilung.
Nachdem er im Anschluss zunächst mit der ständigen Vertretung des Leiters der Zentralabteilung betraut wurde, wurde ihm mit seiner Ernennung zum Ministerialdirigenten im März 2012 schließlich die Leitung dieser Abteilung übertragen, deren Zuständigkeit sich auf die Personalangelegenheiten aller Gerichtsbarkeiten und der Staatsanwaltschaften sowie insbesondere auch das Richter-, Anwalts- und Notarrecht erstreckt.
Dr. Werner Richter ist verheiratet und Vater einer Tochter.