Im Mai 2014 übernahm der Beamte als Verwaltungsleiter der Justizvollzugsanstalt Bochum erstmals Aufgaben im engeren Leitungsteam.
Im Justizvollzugskrankenhaus sowie in den Justizvollzugsanstalten Detmold und Herford war Markus Biermann später als Verwaltungsleiter und zugleich als ständiger Vertreter der Behördenleitung tätig, wobei er im Justizvollzugskrankenhaus zudem die Funktion des kaufmännischen Leiters innehatte.
Seit Anfang 2021 leitete Markus Biermann für die Dauer eines Jahres die der Justizvollzugsanstalt Bielefeld-Senne angegliederte Verfahrenspflegestelle BASIS-Web.
Vor seinem Wechsel in die Leitung der Justizvollzugsanstalt Remscheid war Markus Biermann zwei Jahre als Stellvertreter der Behördenleitung in der Justizvollzugsanstalt Bochum tätig.