Im April 2008 übernahm der Beamte die Leitung des landesweit ersten Buchungs- und Kostenrechnungsservice EPOS.
NRW im Justizvollzug.
Im Juni 2009 wechselte Stefan Weber als Kaufmännischer Leiter sowie später als Verwaltungsleiter und Behördenleitungsvertreter an das Justizvollzugskrankenhaus Nordrhein-Westfalen.
Über aufsichtsbehördliche Erfahrungen verfügt der Beamte durch seine Tätigkeiten beim Justizvollzugsamt Westfalen-Lippe und die mehrjährige Tätigkeit im Ministerium der Justiz Nordrhein-Westfalen, wo er zunächst als Controller für den Bereich Justizvollzug und später als Vollzugsbaureferent tätig war.
Nach seiner Rückkehr in die vollzugliche Praxis im Juli 2019 war Stefan Weber zunächst als ständiger Vertreter der Leiterin der Justizvollzugsanstalt Willich I eingesetzt, bevor er im November 2019 die Behördenleitungsvertretung in der Justizvollzugsanstalt Bochum übernahm.