Nach dem Ende der Abordnung wurde er im Mai 2017 an die Staatsanwaltschaft Düsseldorf versetzt.
Seit August 2017 war er im nordrhein-westfälischen Ministerium der Justiz tätig.
Er leitete zunächst im Abordnungsweg das Referat für Kabinett-, Landtags- und Bundesratsangelegenheiten und wurde im Juni 2018 zum Ministerialrat ernannt.
Seit September 2018 war er Leiter des Ministerbüros.
Im Dezember 2018 folgte seine Ernennung zum Leitenden Ministerialrat.

Bis auf Weiteres bleibt die kommissarische Leitung beim Staatssekretär angesiedelt.
Ein Wechsel in der Gestütsleitung wurde erforderlich, nachdem die bisherige Leiterin des Nordrhein-Westfälischen Landgestüts im Mai 2021 aus eigener persönlicher Entscheidung um Versetzung gebeten hatte.
Die Volljuristin wird ab September 2021 als Referentin im Ministerium im Bereich der Vorbereitung und Begleitung von Bundes- und Bundesratsangelegenheiten tätig sein.
Umwelt- und Landwirtschaftsministerin Ursula Heinen-Esser hatte bei einem Besuch des Landgestüts im Mai betont, dass die Landesregierung fest zum Nordrhein-Westfälischen Landgestüt steht.
Das Landgestüt habe als Aushängeschild für die Landesregierung eine über die Landesgrenzen hinaus hohe Bedeutung.

Im Jahr 2013 wurde er an die Verwaltung des Landtags Nordrhein-Westfalen abgeordnet, wo er unter anderem Aufgaben für Parlamentarische Untersuchungsausschüsse wahrnahm.
Ende Mai 2017 kehrte er kurzzeitig zur Staatsanwaltschaft Düsseldorf zurück, bevor er an das Ministerium der Justiz des Landes Nordrhein-Westfalen abgeordnet wurde.
Dort leitete er zunächst das Referat für Kabinett-, Landtags- und Bundesratsangelegenheiten und ab September 2018 das Ministerbüro sowie das Referat für strategische Planung.
Im November 2021 wurde er zum Leitenden Oberstaatsanwalt in Krefeld ernannt.
Henning Wilke ist verheiratet und Vater von drei Kindern.