Nach Abteilungsleitertätigkeiten in den Justizvollzugsanstalten Diez und Wittlich wechselte er 2005 als Referatsleiter in das Ministerium der Justiz des Landes Rheinland-Pfalz.
Von dort kehrte der inzwischen promovierte Jurist im März 2009 an die Justizvollzugsanstalt Diez zurück, wo ihm die Leitung dieser Behörde übertragen wurde.
Mit der Übernahme der Leitung der Justizvollzugsanstalt Bützow wechselte Schäfer im Oktober 2013 in den Dienst des Landes Mecklenburg-Vorpommern.
Im April 2018 wurde der Beamte schließlich in den Geschäftsbereich des nordrhein-westfälischen Justizvollzugs versetzt.
Hier übernahm er die stellvertretende Anstaltsleitung in der Justizvollzugsanstalt Werl und zugleich die Leitung der zentralen Abteilung für Sicherungsverwahrte in Nordrhein-Westfalen.

Nach dem Studium der Rechtswissenschaften an der Universität Mainz und dem Referendariat am Landgericht Wiesbaden nahm Dr. Jörg-Uwe Schäfer im September 2000 seine Tätigkeit als Vollzugsjurist im rheinland-pfälzischen Justizvollzug auf, wo er in den Justizvollzugsanstalten Diez und Wittlich sowie im Ministerium der Justiz des Landes Rheinland-Pfalz tätig war.
Von März 2009 bis September 2013 leitete Dr. Jörg-Uwe Schäfer die Justizvollzugsanstalt Diez.
Im Oktober 2013 wechselte er mit der Übernahme der Leitung der Justizvollzugsanstalt Bützow in den Dienst des Landes Mecklenburg-Vorpommern.
Dr. Jörg-Uwe Schäfer wurde im April 2018 in den Geschäftsbereich des nordrhein-westfälischen Justizvollzugs versetzt.
Hier oblag ihm zunächst die stellvertretende Leitung der Justizvollzugsanstalt Werl und zugleich die Leitung der zentralen Abteilung für Sicherungsverwahrte in Nordrhein-Westfalen.

Das erläuterte der Sprecher der CDU-/CSU-geführten Innenressorts, Mecklenburg-Vorpommerns Innenminister Lorenz Caffier.
"Wir haben bei uns mit gemeinsamen Diensteinheiten aus Bundes- und Landespolizei sowie Zoll gute Erfahrungen gemacht.

Das Ministerium könne sich auf seinen neuen Chef freuen, so der Staatsminister a.D.: "Ich habe Lutz Lienenkämper im demokratischen Streit als einen fairen und kollegialen Gesprächspartner kennengelernt."
Der studierte Volkswirtschaftler, geboren in Mecklenburg-Vorpommern, arbeitete in den vergangenen 24 Jahren unter anderem für die Finanzministerien in Nordrhein-Westfalen und in Rheinland-Pfalz.