Mit der von ihm gegründeten Wübben Stiftung unterstützt er vor allem Kinder und Jugendliche aus sozioökonomisch benachteiligten Familien sowie Schulen in herausfordernden Lagen.
Ein weiterer Schwerpunkt seines Wirkens ist die Förderung von Wissenschaft und Spitzenforschung.
So unterstützt er unter anderem die Einstein-Stiftung Berlin und fördert mit der Wübben Stiftung Wissenschaft die Gewinnung internationaler Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler für den Wissenschaftsstandort Deutschland.
Mit der Damp-Stiftung engagierte er sich zudem für die medizinische Forschung und Gesundheitsversorgung in Norddeutschland.
Darüber hinaus fördert Dr. Wübben Kultur, Demokratie und das gesellschaftliche Miteinander.