Nach dem juristischen Referendariat wurde er im August 2001 in der Generalstaatsanwaltschaft in Köln eingestellt und war fast sieben Jahre als Staatsanwalt bei der Staatsanwaltschaft in Aachen tätig.
Es folgte eine dreijährige abordnungsweise Tätigkeit im Rechtsreferat der Justizvollzugsabteilung des Ministeriums der Justiz.
Anschließend war er - unterbrochen von einer neunmonatigen Tätigkeit als Abteilungsleiter bei der Staatsanwaltschaft Aachen - als Dezernent bei der Generalstaatsanwaltschaft in Köln unter anderem für Haushaltssachen, Personalbedarfsberechnung und die Einführung von EPOS:
NRW zuständig.
Es folgte im Mai 2016 eine Tätigkeit als Referent im nordrhein-westfälischen Gesundheitsministerium, wo er unter anderem für Fragen des Maßregelvollzugs zuständig war.

Er schloss das duale Studium zum Diplom-Verwaltungswirt (FH) erfolgreich ab und qualifizierte sich berufsbegleitend zum Diplom-Betriebswirt (FH).
Berufliche Erfahrungen sammelte er zunächst in den Justizvollzugsanstalten Essen und Castrop-Rauxel.
Im April 2008 übernahm der Beamte die Leitung des landesweit ersten Buchungs- und Kostenrechnungsservice EPOS.
NRW im Justizvollzug.
Im Juni 2009 wechselte Stefan Weber als Kaufmännischer Leiter sowie später als Verwaltungsleiter und Behördenleitungsvertreter an das Justizvollzugskrankenhaus Nordrhein-Westfalen.

Neben dem Lady-Di-Epos "Spencer" wurden viele andere Filmproduktionen hier gedreht - darunter die Kinofilme "Smaragdgrün" und "Paula, Boy 7" sowie der TV-Mehrteiler "Krupp - Eine deutsche Familie".