Prof. Amunts ist in verschiedenen Gremien und Netzwerken aktiv sowie national und international hoch anerkannt.
Unter anderem wurde sie 2016 als ordentliches Mitglied der Nationalen Akademie der Wissenschaften und Ingenieurswissenschaften (acatech) aufgenommen.
Dort wirkt sie schwerpunktmäßig an der Aufbereitung von wissenschaftlichen Themen für Politik- und Gesellschaftsberatung.
Seit 2017 ist die Professorin auch ordentliches Mitglied der Klasse für Naturwissenschaften der Medizin in der nordrhein-westfälischen Akademie der Wissenschaften und Künste.
Von 2012 bis 2020 war sie eines von 26 gewählten Mitgliedern des Deutschen Ethikrats.