Nach Stationen bei der Staatsanwaltschaft Berlin, der Generalstaatsanwaltschaft Berlin und als Richter beim Amtsgericht Tiergarten wechselte er im Juni 2000 an die Staatsanwaltschaft Duisburg.
Im Januar 2004 wurde er zum Oberstaatsanwalt bei der Staatsanwaltschaft Kleve ernannt, wo er ab Juni 2007 stellvertretender Behördenleiter war.
Er engagierte sich von 2005 bis 2006 in einer UN-Untersuchungskommission in Beirut (Libanon) und 2010 im Justizunterstützungsprogramm der Europäischen Union für die Philippinen.
Im Januar 2021 wurde er zum Leitenden Oberstaatsanwalt bei der Generalstaatsanwaltschaft Düsseldorf ernannt, wo er auch für die Bekämpfung gewaltverherrlichender, pornographischer und sonstiger jugendgefährdender Schriften zuständig war.
Günter Neifer ist verheiratet.