1998 wurde sie mit einer Dissertation über Bruce Naumann promoviert.
Ab 2001 leitete sie sieben Jahre die Sammlung für Internationale Kunst nach 1945 in der Städtischen Galerie im Münchner Lenbachhaus.
Seit Januar 2009 ist sie Direktorin des MMK Museums für Moderne Kunst Frankfurt am Main.
In dieser Zeit ist es ihr gelungen, das Museum für Moderne Kunst um eine Dependance, das MMK 2, zu erweitern.
In Nordrhein-Westfalen war Susanne Gaensheimer bereits von 1999 bis 2001 als Direktorin des Westfälischen Kunstvereins in Münster tätig.

Durch ein Netzwerk nordrhein-westfälischer Museen wird es möglich sein, diese Verbindung von kulturwissenschaftlicher Forschung und sinnlich-lukullischer Freude einer größeren Öffentlichkeit zu präsentieren.
Die drei Kooperationspartner übernehmen Teile der Sammlung gemäß ihrer Anteile beim Ankauf als Eigentümer in Besitz (Köln zu 50 Prozent, Frankfurt zu 29 Prozent, Potsdam zu 21 Prozent).
Sie werden künftig in der Dauerausstellung des DFF in Frankfurt am Main, im Schaudepot des Filmmuseum Potsdam und in verschiedenen Museen in Nordrhein-Westfalen gezeigt.