Ab 2006 arbeitete Karlaganis als Dramaturg am Schauspielhaus Graz unter der Intendanz von Anna Badora.
Im Jahr 2011, wechselte er ans Residenztheater München unter der Leitung von Martin Kusej.
Ein Schwerpunkt in Graz und München war die Zusammenarbeit mit internationalen Regisseurinnen, Regisseuren und Regieteams.
2013 zog es Andreas Karlaganis ans Schauspielhaus Zürich.
Dort arbeitete er unter der Intendanz von Barbara Frey zunächst als Dramaturg und ab 2014 als geschäftsführender Dramaturg und stellvertretender Intendant.