Dort war er unter anderem an der Konzeption und Organisation des Festivals "Internationale Neue Dramatik F.I.N.D". beteiligt.
Ab 2006 arbeitete Karlaganis als Dramaturg am Schauspielhaus Graz unter der Intendanz von Anna Badora.
Im Jahr 2011, wechselte er ans Residenztheater München unter der Leitung von Martin Kusej.
Ein Schwerpunkt in Graz und München war die Zusammenarbeit mit internationalen Regisseurinnen, Regisseuren und Regieteams.
2013 zog es Andreas Karlaganis ans Schauspielhaus Zürich.