Von 1998 bis 2006 war Töpfer außerdem Unter-Generalsekretär der Vereinten Nationen und Generaldirektor des Büros der Vereinten Nationen in Nairobi, außerdem von 2001 bis 2010 Mitglied, dann stellvertretender Vorsitzender im Rat für Nachhaltige Entwicklung.
Seit 2007 lehrt Töpfer als Professor für Umwelt und nachhaltige Entwicklung an der Tongji-Universität Shanghai.
Er ist zudem unter anderem Mitglied im Präsidium der Deutschen Gesellschaft für die Vereinten Nationen und im Kuratorium der Deutschen Stiftung Weltbevölkerung, seit Mai 2014 auch Vorsitzender des deutschen Teils des UN-Netzwerks Sustainable Development Solutions Network.
Zahlreiche Ehrungen und Auszeichnungen hat Töpfer bereits erhalten, darunter den Verdienstorden des Landes Nordrhein-Westfalen, das Bundesverdienstkreuz, den Deutschen Umwelt- und den Deutschen Nachhaltigkeitspreis für sein Lebenswerk.
Zahlreiche Universitäten im In- und Ausland würdigten seine Verdienste.