1999 wurde Werner Stump zum Landrat des Rhein-Erft-Kreises gewählt und übte dieses verantwortungsvolle Amt bis Mitte dieses Jahres aus.
Ihm ist es gelungen, den Kreis vollständig und anhaltend zu entschulden.
Er setzte eine Namensänderung des ehemaligen "Erftkreises" in den heutigen "Rhein-Erft-Kreis" durch und brachte damit dessen Bedeutung auch regionalpolitisch zum Ausdruck.
Weiterhin forcierte und förderte er neue Schwerpunkte der Wirtschaftsstruktur und schaffte dadurch - neben den traditionellen Bereichen wie der Braunkohle und der Chemie - mit dem Ausbau erneuerbarer Energien, der Medien, der Kultur-, Gesundheits- und Tourismuswirtschaft sowie der Logistik neue Standbeine des Kreises.
Mit seinem jahrzehntelangen Wirken in den Gremien der Kreissparkasse Köln leistete er einen wesentlichen Beitrag zur Ausrichtung und Weiterentwicklung der Sparkasse in der Region und vertrat das Institut zudem in den höchsten Gremien des Rheinischen Sparkassen- und Giroverbandes.