Nach ihrer Tätigkeit als Gemeindepfarrerin in verschiedenen Gemeinden Siegens war sie ab 2001 stellvertretende Superintendentin des Evangelischen Kirchenkrieses Siegen und stand von 2005 bis 2012 als Superintendentin an dessen Spitze.
Seit 2015 war Annette Kurschus zudem Stellvertretende Ratsvorsitzende der Evangelischen Kirche in Deutschland (EKD) und seit 2016 auch Beauftragte des Rates der EKD für die Beziehungen zu den polnischen Kirchen.